Der Forstbotanische Garten wurde 1830 mit der damaligen Königlichen Preußischen Höheren Forstlehranstalt in Eberswalde gegründet. Durch die Herauslösung der forstlichen Ausbildung aus der Universität Berlin nach Eberswalde konnte der bedeutende Forstwissenschaftler Friedrich Wilhelm Leopold Pfeil (1783-1859) damit gleichsam den 'Grundstein' für größere Anschaulichkeit und Praxisnähe beim forstlichen Unterricht legen.(siehe Pfeildenkmal rechts)

Die Einrichtung der ersten Gartenanlage (benannt nach dem Gründer Pfeil), die sich auf der südlichen Seite der Straße nach dem Zainhammer befand, erfolgte durch
Julius Theodor Christian Ratzeburg (1801-1871). Über diese Zeit sind wenig Dokumente vorhanden. Lediglich aus dem Jahre 1835 ist eine Pflanzenliste mit mehr als 600 Gehölzarten erhalten. In den Jahren 1861/62 wurde parallel zum alten Pfeilsgarten ein Forstgarten in Chorin aufgebaut, wo gehölzphysiologische Studien angestellt wurden. 1866 übernahm Forstinspektor Bernhard Danckelmann (1831-1901) als Direktor die Forstakademie und die Leitung des Gartens. Unter seiner Regie verlegte man den Garten von 1868-1874 auf eine neue Fläche, auf die Nordseite der Straße nach dem Zainhammer. Dieses Areal ist der Standort des heutigen 8 ha großen Solitär-Arboretums.

Durch Reorganisation von Lehre und Forschung gewann unter B. Danckelmann zunehmend die Wissenschaft an Bedeutung. Beispielsweise entstand während seiner Amtszeit in Eberswalde die "Preußische Hauptstation für das forstliche Versuchswesen", 1892 erfolgte die Gründung des "Internationalen Verbandes forstlicher Versuchsanstalten - IUFRO".

Neben Demonstrationszwecken diente der Forstbotanische Garten unter F.W.L. Pfeil wie unter B. Danckelmann auch der Forstpflanzenanzucht. Aus überlieferten Unterlagen B. Danckelmanns geht hervor, daß jährlich 1-4 Mill. Pflanzen angezogen und verkauft wurden: 95 % Kiefer, 5 % Weiß-Erle und Fichte.

Eine unter B. Danckelmann begonnene familienweise Anordnung der einheimischen und fremdländischen Gehölze im Arboretum erwies sich in der Folgezeit als ebenso ungünstig wie spätere Neupflanzungen nach pflanzengeographischen Gesichtspunkten. Bis heute wurde versucht, den vielfältigen Standortbedingungen des Gartens Rechnung zu tragen und nach den Prinzipien von F.W.L. Pfeil eine möglichst standortgerechte Pflanzung vorzunehmen. In einigen Gartenbereichen jedoch gibt es gegenwärtig noch Ordnungsprinzipien mit systematischen Schwerpunkten. So im sogen. 'Eichenquartier', Quartier der Rosengewächse und im derzeit entstehenden Salicetum. Im neuen Ostasiatenquartier erfolgte eine geographische Einteilung.

Unter Leitung von Noack ab 1927 und ab 1932 von Liese gab es weitere Gartenumgestaltungen. Einschneidend wirkte sich die "Zweite Preußische Sparverordnung" aus. Der Garten wurde im Rahmen dieser Maßnahme vom Herbst 1932 bis Frühjahr 1936 geschlossen, der Choriner Forstgarten aufgelöst. Die Auswirkungen des 2. Weltkrieges auf die Gartenanlage waren erheblich: Gehölzverluste, Beeinträchtigung ganzer Gartenteile durch Schützengräben und eine Flakstellung, Vernichtung der schriftlichen Aufzeichnungen.

Erst 1949/50 begannen Aufräumungs- und Erhaltungsarbeiten. Von 1953 bis 1970 übernahm H. Lyr die Leitung des Instituts für Forstbotanik der Humboldt-Universität Berlin und des ihm angeschlossenen Gartens. Er arbeitete mit J. Consmüller (Techn. Leiter 1953-63) und Frau I. Seeliger (Leiterin des Forstbotanischen Gartens 1963-1978) zusammen. In den 50er Jahren entstanden Sonderanlagen: Steingarten, botanisches System mit heimischen Krautpflanzen und Gräsern, eine Heckenanlage, ein Heil- und Gewürzpflanzenteil, ein Moor, ein Teich, ein Schattenstauden- und Großstaudenbeet mit Gunnera, ein Farnhang sowie ein 'Afrikanum'.

Ebenso wurden auf H. Lyr's Veranlassung nach Abschluß einer Vereinbarung mit dem Forstbetrieb ab 1955 Kleinbestände fremdländischer Gehölze (Kleinbestands-Arboretum) auf der Südseite der Straße 'Am Zainhammer' in die Waldfläche eingebracht. Diese führen die von Schwappach um die Jahrhundertwende in Brandenburg angelegten Fremdländeranbauten fort. Im Osten begrenzt durch den alten Pfeilsgarten, im Westen durch die Schwärze, umfaßt das Kleinbestandsarboretum eine Größe von etwa 40 ha. Auf seinen Teilflächen wurden bis heute 60 Gehölzarten angebaut. Seit 1977 gehört es zum eingetragenen 'Landschaftsschutzgebiet Schwärzetal'. Die Uferberei-che der Schwärze und Quellmoore sind seit 1997 Naturschutzgebiet.

Neben Solitär- und Kleinbestands-Arboretum wurden auf dem Gelände der ehemaligen Waldsamenprüfanstalt 'Am Zainhammer 5' in den 50er Jahren dieses Jahrhunderts Gewächs-häuser, Werkstätten und ein Verwaltungsgebäude gebaut. Hier erfolgen Anzuchten von Ge-hölzen und Gewächshauspflanzen für die Lehre und Forschung.

Nach der Schließung der Forstwirtschaftlichen Fakultät Eberswalde 1963 und der Verlagerung der studentischen Ausbildung an die TU Dresden (Tharandt), ordnete man den Forstbotanischen Garten dem Institut für Forstwissenschaften Eberswalde zu. Ab 1974, mit der Bildung des Forschungsbereiches Landeskultur und Jagd unter G. Hofmann, gehörte er als Fachgebiet zur Abteilung Angewandte Gehölzforschung. Hier erlangten Gehölzvermehrungsversuche unter Freiland- bzw. Gewächshausbedingungen an Bedeutung.

Mit der Einrichtung eines 4 ha großen Versuchsgartens (1972) am Zainhammergestell wurden Möglichkeiten geschaffen, hunderte von Pappel- und Weidenklonen der Graupaer Sammlung für weitere Forschungen zu übernehmen (siehe Bild links). Ausgewählte, forstlich interessante Landschaftsgehölze wurden hier auf Flurholzeignung geprüft. Das Pappelsortiment konnte 1995/96 an die Bundesforschungsanstalt (BFA) übergeben werden, das Weidensortiment blieb erhalten und wurde bis heute weiter ausgebaut.

Von 1978 bis 1996 leitete K.J. Endtmann den Garten, kurzzeitig mit dem Technischen Leiter B. Herrmann, ab 1986 mit Frau B. Schröter als Technischer Leiterin. In dieser Zeit kamen im Solitär-Arboretum ein Quartier ostasiatischer Pflanzen, ein neues ökologisch-soziologisches System mit Zeigerpflanzen sowie eine Sonderanlage amerikanischer Krautpflanzen hinzu. An der Promenade 'Schwappachweg' entstand ein Gesteinslehrpfad.

Mit der Gründung der Hochschule für nachhaltige Entwicklung Eberswalde im Jahre 1992 durch G. Wolff wurde der Forstbotanische Garten als zentrale Einheit wieder einer Hochschule angegliedert. Seitdem bekleidet H. Schill als Leiter des Lehrstuhls für Forstbotanik das Amt des Direktors. Neben Forschung fand die Lehre der verschiedenen Fachbereiche wieder Einzug in den Garten. 1997 begannen im Solitär-Arboretum Arbeiten zur Umgestaltung und Erweiterung des Steingartens in ein Alpinum. In Vorbereitung der Anlage eines neuen Salicetums fanden im Erlenbruch (hinter der Oberförsterei) Fällmaßnahmen statt. Im Oktober 1997 trat B. Götz die Nachfolge von K.J. Endtmann an.